Skip to main content

Bir WordPress Sitesi

Hesaplamalı Protein Biyofiziğine Giriş ve Veri Tabanlı Simülasyon Analizi

26-28 Aralık 2025 | Boğaziçi Üniversitesi Mühendislik Fakültesi

Etkinliğin Amacı ve Kapsamı

Bu seminer dizisinin temel amacı, biyolojik makromoleküllerin yapısal ve dinamik özelliklerini incelemeye yönelik hesaplamalı biyoloji yöntemleri hakkında katılımcılara sağlam bir giriş düzeyi bilgi ve beceri seti kazandırmaktır. Özellikle yüksek lisans ve doktora düzeyindeki, bu alana yeni adım atan araştırmacılar için tasarlanan program, katılımcıların kendi araştırma projelerine entegre edebilecekleri temel analiz araçlarını öğrenmelerini ve güvenle uygulayabilmelerini hedeflemektedir.

Günümüzde yapısal biyoloji ve biyoinformatik alanlarında üretilen veri miktarı hızla artarken, AlphaFold gibi yapay zekâ tabanlı araçların yaygınlaşması bu alandaki yetkinlik ihtiyacını kritik hâle getirmiştir. Ancak Türkiye’de bu konuları temel seviyede, bütüncül bir yaklaşımla ve uygulamalı olarak sunan erişilebilir eğitim programları oldukça sınırlıdır. Bu etkinlik, söz konusu boşluğu doldurmayı ve ülkemizde hesaplamalı yapısal biyoloji alanında insan kaynağı kapasitesinin güçlenmesine katkı sunmayı amaçlamaktadır.

Eğitim İçeriği

Moleküler Dinamik Simülasyonları

Temel kuram, sistem hazırlama, simülasyon yürütme ve sonuçların analizi gibi konuları kapsar.

Moleküler Yerleştirme (Docking)

Protein-ligand ve protein-protein etkileşimlerinin tahmini ve analizi üzerine odaklanır.

Yapay Zekâ Tabanlı Yapı Tahmini

AlphaFold ve benzeri araçlarla yapı öngörüsü ve bu yapıların doğruluğunun değerlendirilmesi.

Ağ Tabanlı Protein Dinamiği

Protein yapılarının topolojik temsilleri, iletişim yolları ve işlevsel modüllerin belirlenmesi.

Yetkin Eğitmen Kadrosu

Alanında uzman akademisyenlerden oluşan eğitmen kadromuzla tanışın.

Prof. Dr. Canan Atılgan

Eğitmen

Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi

 Boğaziçi Üniversitesi mezunudur. Florida State Üniversitesi’ndeki doktora sonrası çalışmalarının ardından 1999’da Sabancı Üniversitesi’ne katıldı ve 2007’de profesör oldu. EMBO üyesi ve ödüllü bir bilim insanı olan Atılgan, protein konformasyonel dinamikleri ve yapısal biyofizik alanında tanınmış bir araştırmacıdır.

Doç Dr. Betül Uralcan

Etkinlik Yürütücüsü

Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği

Doç. Dr. Betül Uralcan, Boğaziçi ve Princeton Üniversiteleri mezunudur. Yale Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmalar yapmıştır. 2019’dan beri Boğaziçi Üniversitesi’nde öğretim üyesi olan ve 2024’te doçent unvanını alan Uralcan, desalinasyon ve membran teknolojileri ile proteinlerin katlanma termodinamiği gibi alanlarda öne çıkan bir araştırmacıdır.

Dr. Öğr. Üyesi Saliha Ece Acuner

Eğitmen

İstanbul Medeniyet Üniversitesi, Biyomühendislik

Boğaziçi Üniversitesi ve Koç Üniversitesi’nde eğitim almıştır. Halen İstanbul Medeniyet Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü’nde öğretim üyesi olan Acuner, protein-ligand etkileşimlerinin hesaplamalı analizi ve moleküler dinamik simülasyonları konularında uzman bir araştırmacıdır.

Kurullar

Etkinliğimizin gerçekleşmesinde rol alan değerli komite üyeleri.

Düzenleme Kurulu

Doç Dr. Betül Uralcan

Dr. Öğr. Üyesi Saliha Ece Acuner

Prof. Dr. Canan Atılgan

Bilim Kurulu

Doç Dr. Betül Uralcan

Dr. Öğr. Üyesi Saliha Ece Acuner

Prof. Dr. Canan Atılgan

Yerel Düzenleme Kurulu

Dr. Efe Elbeyli

Büşra Tayhan

Ecem Bulut

Enes Sivri

Göktuğ İnce

Gülşen Eymen Dediler

Etkinlik Programı

3 gün boyunca sürecek yoğun ve uygulamalı eğitim programımız.

13:00 - 13:45: Açılış, Tanışma ve Program Tanıtımı

13:45 - 14:30: Proteinlerin Dünyasına Yolculuk: Yapısal Biyoloji Temelleri

14:30 - 15:15: Hesaplamalı Araçlara Genel Bakış I: MD, Yerleştirme ve Ağ Tabanlı Analiz

15:30 - 16:15: Hesaplamalı Araçlara Genel Bakış II: Yapay Zeka ile Protein Yapı Tahmini

16:15 - 17:00: Uygulamalı Oturum: Yazılım Kurulumu ve Çalışma Ortamı Haz

09:00 - 09:45: Moleküler Dinamik Simülasyonlarına Teorik Giriş

09:45 - 11:15: MD Uygulama I: Simülasyonlara İlk Adım (Uygulamalı)

11:30 - 12:15: MD Uygulama II: Simülasyon Analizi (Uygulamalı)

12:15 - 13:00: Moleküler Eşleşme: Yerleştirme'nin Bilimsel Temelleri

14:00 - 15:30: Yerleştirme Uygulama I & II (Uygulamalı)

15:45 - 17:00: Yerleştirme Sonuçlarının Yorumlanması ve Gün Sonu Değerlendirme

09:00 - 10:30: Ağ Tabanlı Protein Dinamiği: Teorik Giriş ve Ağ Kurulumu

10:30 - 11:15: Ağ Analizi Uygulaması (Uygulamalı)

11:30 - 13:00: Yapay Zekâ Tabanlı Yapı Tahmini ve Uygulaması (Uygulamalı)

14:00 - 14:45: Makine Öğrenimi Temelli Gelişmiş Analiz Teknikleri

14:45 - 16:30: Mini Proje Planlama ve Uygulaması

16:30 - 17:00: Mini Proje Sunumları, Değerlendirme ve Kapanış

Başvuru Bilgileri

Eğitime katılım için gerekli şartlar ve başvuru süreci hakkında detaylı bilgi.

Hedef Kitle

  • Lisans ve Yüksek Lisans öğrencileri
  • Genç araştırmacılar ve akademisyenler
  • İlgili alanlarda eğitim alan lisans öğrencileri
  • Yaşam Bilimleri, Mühendislik ve Temel Bilimler disiplinlerinden adaylar

Başvuru Şartları

  • Lisans düzeyinde temel biyoloji/kimya bilgisi
  • Kısa motivasyon metni
  • Teorik ve uygulamalı çalışmalara açık olmak

Etkinlik Yeri ve Konaklama

Eğitimimiz, Türkiye'nin en prestijli kurumlarından Boğaziçi Üniversitesi'nde gerçekleştirilecektir.

Boğaziçi Üniversitesi

Eğitimler, projeksiyon cihazı, yüksek hızlı internet erişimi ve bilgisayar kullanımına uygun altyapıya sahip seminer salonlarında yapılacaktır.

Konaklama ve İmkanlar

İstanbul dışından katılım sağlayacaklar için konaklama, Boğaziçi Üniversitesi Misafirhanesi'nde sağlanacaktır. Öğle ve akşam yemekleri üniversite yemekhanesinde sunulacaktır.