Hesaplamalı Protein Biyofiziğine Giriş ve Veri Tabanlı Simülasyon Analizi
26-28 Aralık 2025 | Boğaziçi Üniversitesi Mühendislik Fakültesi
Etkinliğin Amacı ve Kapsamı
Bu seminer dizisinin temel amacı, biyolojik makromoleküllerin yapısal ve dinamik özelliklerini incelemeye yönelik hesaplamalı biyoloji yöntemleri hakkında katılımcılara sağlam bir giriş düzeyi bilgi ve beceri seti kazandırmaktır. Özellikle yüksek lisans ve doktora düzeyindeki, bu alana yeni adım atan araştırmacılar için tasarlanan program, katılımcıların kendi araştırma projelerine entegre edebilecekleri temel analiz araçlarını öğrenmelerini ve güvenle uygulayabilmelerini hedeflemektedir.
Günümüzde yapısal biyoloji ve biyoinformatik alanlarında üretilen veri miktarı hızla artarken, AlphaFold gibi yapay zekâ tabanlı araçların yaygınlaşması bu alandaki yetkinlik ihtiyacını kritik hâle getirmiştir. Ancak Türkiye’de bu konuları temel seviyede, bütüncül bir yaklaşımla ve uygulamalı olarak sunan erişilebilir eğitim programları oldukça sınırlıdır. Bu etkinlik, söz konusu boşluğu doldurmayı ve ülkemizde hesaplamalı yapısal biyoloji alanında insan kaynağı kapasitesinin güçlenmesine katkı sunmayı amaçlamaktadır.
Eğitim İçeriği
Moleküler Dinamik Simülasyonları
Temel kuram, sistem hazırlama, simülasyon yürütme ve sonuçların analizi gibi konuları kapsar.
Moleküler Yerleştirme (Docking)
Protein-ligand ve protein-protein etkileşimlerinin tahmini ve analizi üzerine odaklanır.
Yapay Zekâ Tabanlı Yapı Tahmini
AlphaFold ve benzeri araçlarla yapı öngörüsü ve bu yapıların doğruluğunun değerlendirilmesi.
Ağ Tabanlı Protein Dinamiği
Protein yapılarının topolojik temsilleri, iletişim yolları ve işlevsel modüllerin belirlenmesi.
Yetkin Eğitmen Kadrosu
Alanında uzman akademisyenlerden oluşan eğitmen kadromuzla tanışın.
Prof. Dr. Canan Atılgan
Eğitmen
Sabancı Üniversitesi, Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi
Boğaziçi Üniversitesi mezunudur. Florida State Üniversitesi’ndeki doktora sonrası çalışmalarının ardından 1999’da Sabancı Üniversitesi’ne katıldı ve 2007’de profesör oldu. EMBO üyesi ve ödüllü bir bilim insanı olan Atılgan, protein konformasyonel dinamikleri ve yapısal biyofizik alanında tanınmış bir araştırmacıdır.
Doç Dr. Betül Uralcan
Etkinlik Yürütücüsü
Boğaziçi Üniversitesi, Kimya Mühendisliği
Doç. Dr. Betül Uralcan, Boğaziçi ve Princeton Üniversiteleri mezunudur. Yale Üniversitesi’nde doktora sonrası araştırmalar yapmıştır. 2019’dan beri Boğaziçi Üniversitesi’nde öğretim üyesi olan ve 2024’te doçent unvanını alan Uralcan, desalinasyon ve membran teknolojileri ile proteinlerin katlanma termodinamiği gibi alanlarda öne çıkan bir araştırmacıdır.
Dr. Öğr. Üyesi Saliha Ece Acuner
Eğitmen
İstanbul Medeniyet Üniversitesi, Biyomühendislik
Boğaziçi Üniversitesi ve Koç Üniversitesi’nde eğitim almıştır. Halen İstanbul Medeniyet Üniversitesi Biyomühendislik Bölümü’nde öğretim üyesi olan Acuner, protein-ligand etkileşimlerinin hesaplamalı analizi ve moleküler dinamik simülasyonları konularında uzman bir araştırmacıdır.
Kurullar
Etkinliğimizin gerçekleşmesinde rol alan değerli komite üyeleri.
Düzenleme Kurulu
Doç Dr. Betül Uralcan
Dr. Öğr. Üyesi Saliha Ece Acuner
Prof. Dr. Canan Atılgan
Bilim Kurulu
Doç Dr. Betül Uralcan
Dr. Öğr. Üyesi Saliha Ece Acuner
Prof. Dr. Canan Atılgan
Yerel Düzenleme Kurulu
Dr. Efe Elbeyli
Büşra Tayhan
Ecem Bulut
Enes Sivri
Göktuğ İnce
Gülşen Eymen Dediler
Etkinlik Programı
3 gün boyunca sürecek yoğun ve uygulamalı eğitim programımız.
13:00 - 13:45: Açılış, Tanışma ve Program Tanıtımı
13:45 - 14:30: Proteinlerin Dünyasına Yolculuk: Yapısal Biyoloji Temelleri
14:30 - 15:15: Hesaplamalı Araçlara Genel Bakış I: MD, Yerleştirme ve Ağ Tabanlı Analiz
15:30 - 16:15: Hesaplamalı Araçlara Genel Bakış II: Yapay Zeka ile Protein Yapı Tahmini
16:15 - 17:00: Uygulamalı Oturum: Yazılım Kurulumu ve Çalışma Ortamı Haz
09:00 - 09:45: Moleküler Dinamik Simülasyonlarına Teorik Giriş
09:45 - 11:15: MD Uygulama I: Simülasyonlara İlk Adım (Uygulamalı)
11:30 - 12:15: MD Uygulama II: Simülasyon Analizi (Uygulamalı)
12:15 - 13:00: Moleküler Eşleşme: Yerleştirme'nin Bilimsel Temelleri
14:00 - 15:30: Yerleştirme Uygulama I & II (Uygulamalı)
15:45 - 17:00: Yerleştirme Sonuçlarının Yorumlanması ve Gün Sonu Değerlendirme
09:00 - 10:30: Ağ Tabanlı Protein Dinamiği: Teorik Giriş ve Ağ Kurulumu
10:30 - 11:15: Ağ Analizi Uygulaması (Uygulamalı)
11:30 - 13:00: Yapay Zekâ Tabanlı Yapı Tahmini ve Uygulaması (Uygulamalı)
14:00 - 14:45: Makine Öğrenimi Temelli Gelişmiş Analiz Teknikleri
14:45 - 16:30: Mini Proje Planlama ve Uygulaması
16:30 - 17:00: Mini Proje Sunumları, Değerlendirme ve Kapanış
Başvuru Bilgileri
Eğitime katılım için gerekli şartlar ve başvuru süreci hakkında detaylı bilgi.
Hedef Kitle
- Lisans ve Yüksek Lisans öğrencileri
- Genç araştırmacılar ve akademisyenler
- İlgili alanlarda eğitim alan lisans öğrencileri
- Yaşam Bilimleri, Mühendislik ve Temel Bilimler disiplinlerinden adaylar
Başvuru Şartları
- Lisans düzeyinde temel biyoloji/kimya bilgisi
- Kısa motivasyon metni
- Teorik ve uygulamalı çalışmalara açık olmak